Раскопки Шлимана, продолжавшиеся с перерывами до 1890 года, пробудили огромный интерес к археологии. В ближайшие десятилетия раскопки начались в других легендарных областях Древнего мира — на Крите, в Вавилоне, Южной Месопотамии, Рухнули рамки классической истории. Их крушением наука обязана Шлиману — этим он во многом заслужил неприязнь и даже ненависть современных ему профессоров.
Впрочем, была и заслуженная критика, ведь Шлиман совершил роковые просчеты. Работая по методу проб и ошибок, он непоправимо разрушил часть культурного слоя, в котором лежала его любимая гомеровская Троя. Однако постепенно он избавился от прежних заблуждений. Из торопливого дилетанта превратился в осторожного ученого, готового тщательно взвешивать любое свое действие. «Мои притязания в высшей степени скромны, — написал он в конце концов в «Автобиографии». — Единственной целью моих раскопок с самого начала была Троя, о местоположении которой сотни ученых написали сотни трудов, но еще никто ни разу не пытался отыскать ее». Подлинная история Трои приоткрывалась ему.
Оказалось, что на холме Гиссарлык на протяжении 3,5 тысяч лет располагались, поочередно сменяя друг друга, девять городов. Их помог описать новый помощник Шлимана, такой же самоучка и посторонний в профессорском кругу — архитектор Вильгельм Дерпфельд. Если кто и «воплощает в себе обе ипостаси археологии — науку и искусство, — так это Дерпфельд», писали о нем десятилетия спустя. Вот хронология холма Гиссарлык, во многом выстроенная немецким архитектором.
Первое поселение здесь возникло, как позднее показал радиоуглеродный анализ, около 2900 года до нашей эры (Троя-1). Через триста лет Троя-II была уже царской резиденцией. В ту пору в. городе имелось много золота, серебра, бронзы. Именно в этом слое Шлиман нашел свои знаменитые сокровища — так называемый клад Приама, названный в честь царя, правившего гомеровской Троей.
Однако воспетый Гомером город, у стен которого сошлись армии греков и троянцев, Агамемнона и Приама, лежал тремя метрами выше (Троя-VI и Троя-VII). С его гибелью пришла пора запустения. Лишь около 800 года до нашей эры здесь снова поселяются люди — греческие колонисты (Троя-VIII). В 85 году до нашей эры город (Троя-IХ) войдет в состав Римской империи. Здесь будут чтить память героев «Илиады». Одно время император Константин Великий будет подумывать даже о том, чтобы перенести сюда столицу Римской империи.
Таков краткий курс истории Трои, составленный учеными после первого столетия раскопок. Холм Гиссарлык невольно стал выставкой достижений современной археологии. В конце XX века сюда не могли вновь не прийти ученые.