Особым взглядом смотрит автор Бунин на окружающий его мир природы, вспоминает впечатления детства, прохладный осенний воздух, запах яблок, молочный туман...
«...Вспоминается мне ранняя погожая осень. Август...» — начало рассказа задается как музыкальная тема, потом следует ее развитие. Эта формула — «вспоминается мне» — повторится во второй части рассказа. Похожая — «вот я вижу» — будет присутствовать в третьей и четвертой частях. Исследователи характеризуют четырехчастную композицию «Антоновских яблок» и определяют жанр произведения как сонату.
От первой к четвертой части прослеживается изменение природы — от летнего августа к осеннему ноябрю, рассказ начинается колоритной картиной сбора яблок, а кончается эпизодом печального пиршества зимней ночью. Бунин с его обостренной памятью ностальгически рисует разорение «дворянских гнезд», выветривание запаха антоновских яблок из русских помещичьих имений.
«Запах антоновских яблок, запах меда и осенней свежести» ощущается особенно сильно и остро в первой части.
Во второй части читатель попадает сначала в Выселки, где узнает, что «ядреная антоновка» — в урожае, потом он знакомится с запущенным садом Анны Герасимовны, славившимся своими яблоками, с ее домом, где стоит запах яблок и где яблоками угощают.
В третьей части рассказа описывается сад в усадьбе Арсения Семеныча Тарасова в пору ветра и дождя, когда он выходит из «трепки» почти совсем обнаженным, засыпанным мокрыми листьями и каким-то притихшим, «смирившимся», но по-особенному красивым в конце ноября. «Черный сад будет сквозить на холодном бирюзовом небе и покорно ждать зимы, пригреваясь в солнечном блеске». Автор найдет «в мокрой листве случайно забытое мокрое яблоко, и почему-то оно покажется необыкновенно вкусным, совсем не таким, как другие».
Четвертая часть начинается с горького сожаления автора: «Запах антоновских яблок исчезает из помещичьих усадеб. Эти дни были так недавно, а меж тем мне кажется, что с тех пор прошло чуть не целое столетие». Сад здесь — «озябший за ночь, обнаженный», жизнь у мелкопоместного хозяина — нищенская, но и она, по Бунину, «хороша». Эту «эпитафию», поэму «запустения», не стоит сводить к одной лишь идее угасания, умирания. Жизнь, по мнению автора, всегда несет в себе особый аромат, остроту, свежесть. В запущенности сада своя особая поэзия, поэтому смысл композиции «Антоновских яблок» не только в скором угасании, но и в поэзии угасания.
Бунин наблюдает не за социальными, а скорее за природными основами деревенской жизни; патриархальность ее устоев вызвана близостью к природе. Поэтому дворянский уклад жизни и образ жизни зажиточного крестьянина не противопоставляются, а сопоставляются: «...Склад средней дворянской жизни имел много общего со складом богатой мужицкой жизни по своей домовитости и сельскому старосветскому благополучию». Исследователи предпочитают говорить об изображении Буниным не дворянской или крестьянской жизни, а деревенской, дворянско-крестьянской жизни.
Пройдет время, и Бунин будет горько и желчно говорить в повести «Деревня» (1910 г.) о нелепице и противоречиях деревенской жизни, но это будет результатом другого опыта, другого времени, другого подхода. «Флер воспоминаний» в «Антоновских яблоках», как это часто бывает в человеческой жизни, определяет все. Рассказ и построен по прихотливому закону человеческой памяти.